ゴミ屋敷の片付けにおいて、最も困難で、そして危険を伴うのが、腐敗した食べ物カス、排泄物、害虫やネズミの死骸といった「汚物」の処理です。これらは強烈な悪臭を放つだけでなく、様々な病原菌やウイルス、寄生虫などが存在している可能性が高く、無防備に扱うと健康被害につながります。自力で処理を行う場合は、最大限の注意と適切な方法が必要です。まず、汚物処理に取り掛かる前に、必ず万全な「防護」を行いましょう。使い捨て可能な厚手のゴム手袋を重ねて着用し、エプロンやレインコートなどで衣類を保護します。足元は長靴を履き、汚物が付着しないようにします。顔全体を保護するために、フェイスシールドやゴーグルを着用し、口や鼻からは高性能なマスク（N95マスクや防じんマスクなど）で防御します。換気を十分に行いながら作業しますが、悪臭が近隣に漏れ出さないよう配慮も必要です。汚物を集める際は、直接手で触らず、ホウキやちりとり、トング、厚紙などを使って慎重に行います。腐敗した食品や液体は、密閉性の高い丈夫なゴミ袋に厳重に入れ、空気を抜いて口を二重、三重にしっかり縛ります。液体状の汚物は、新聞紙や古布などに吸わせてから袋に入れると、漏れを防げます。害虫やネズミの死骸を見つけた場合は、ティッシュや新聞紙で覆い、直接触らないようにして袋に入れ、密閉します。汚物を撤去した場所は、徹底的な「清掃と消毒」を行います。床や壁に汚物が付着していた場合は、使い捨ての雑巾やペーパータオルなどで丁寧に拭き取ります。こすり広げないように、内側へ畳み込むように拭き取るのがコツです。拭き取りが終わったら、洗剤で洗い、その後、消毒液で消毒します。消毒には、アルコール消毒液や、希釈した次亜塩素酸ナトリウム（家庭用漂白剤など）が有効です。次亜塩素酸ナトリウムを使用する際は、換気を十分に行い、酸性のもの（酢やクエン酸など）と絶対に混ぜないように注意が必要です。消毒液をスプレーしたり、浸した布で拭いたりして、しばらく置いてから拭き取ることで、殺菌効果が高まります。